Von den 2956 Pilzarten und -unterarten mit einer ausreichenden Datengrundlage sind 32% auf der Roten Liste. Eine Art ist ausgestorben, weitere 3% sind vom Aussterben bedroht, 12% sind stark gefährdet, 17% gelten als verletztlich, 63% sind nicht gefährdet. Bei 2004 Arten (40% der in der Schweiz vorkommenden Arten) fehlt das Wissen für eine Beurteilung.

Gefährdete Pilzarten finden sich in allen Lebensräumen. Der Anteil der Rote-Liste-Arten ist jedoch in mageren Wiesen und Weiden sowie Mooren am grössten. Auch die alpine Stufe weist aufgrund der kleinen Populationen zahlreiche gefährdete Arten auf.

Dagegen ist der Anteil gefährdeter Arten in Wäldern vergleichsweise gering. Allerdings gefährden Nährstoffeinträge aus der Luft die Standortqualität in den Wäldern des Mittellandes - insbesondere für die Mykorrhizapilze. Zahlreiche gefährdete Arten sind auf Totholz angewiesen. Die Zunahme von Totholz in den Wäldern - z.B. nach grossen Sturmereignissen oder der geänderten forstwirtschaftlichen Praxis in den letzten Jahren - hat sich noch kaum auf das Vorkommen von spezialisierten Holzabbauern ausgewirkt.

Die Rote Liste plädiert dafür, mehr stehendes oder liegendes abgestorbenes Holz als Lebensgrundlage für Pilze in den Wäldern zu belassen. Zentral sind die Erhaltung der wertvollen Biotope, der schonende Umgang mit dem Waldboden sowie die Reduktion der Luftschadstoffe.