La Suisse et l'Union européenne (UE) exploitent des systèmes séparés d'échange de quotas d'émission. Le système de l'UE (SCEQE) comprend quelque 12'000 entreprises qui émettent ensemble environ 2 milliards de tonnes de CO2. Environ 50 entreprises totalisant environ 6 millions de tonnes de CO2 participent au système d'échange de quotas d'émission suisse (SEQE).

La Suisse aspire à un rattachement des deux systèmes, pour constituer un marché du CO2 commun. La reconnaissance réciproque des droits d'émission au moyen d'un accord bilatéral servirait d'assise à un tel rattachement. Les dispositions de la nouvelle loi sur le CO2, entrée en vigueur le 1er janvier 2013, sont largement compatibles avec le SCEQE. 

Du point de vue de la Suisse, un tel rattachement est motivé par des raisons économiques et de politique environnementale:

• un plus grand marché offre un plus grand potentiel de réduction bon marché
• un marché établi et de plus grande taille est plus liquide et conduit à des prix plus stables
• le petit marché suisse complique l'échange de quotas et la formation des prix
• les droits d'émission européens et suisses auraient la même valeur pour remplir les obligations légales
• les entreprises suisses pourraient opérer sur le même marché des émissions que leurs partenaires commerciaux dans l'espace communautaire
• une flexibilité accrue pour les entreprises dans la réalisation de leurs objectifs en matière d'émissions de CO2 grâce à l'accès au marché de l'UE

L'UE est également intéressée à un rattachement de son système avec celui de la Suisse. L'intégration de la navigation aérienne est également discutée dans le cadre des négociations.