L'OFEV représente la Confédération dans la Commission mixte pour la pêche et y siège avec des représentants des cantons de Neuchâtel et du Jura ainsi que des autorités françaises spécialisées dans la pêche. Depuis plusieurs années, la Commission mixte constate un fort recul des captures réalisées ainsi que des épisodes récurrents de surmortalité du poisson. Dans le cadre de ses activités, elle a mandaté plusieurs études en matière de gestion piscicole du Doubs qui portent sur les trois volets suivants: