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Pour encourager l’assainissement des eaux polluées par les nitrates, la Confédération finance une grande part des projets d’assainissement. C’est à cet effet qu’a été adopté l’art. 62a de la loi sur la protection des eaux (LEaux).
Ces projets d'assainissement permettent de mettre en œuvre des séries de mesures ciblées et adaptées à chaque cas spécifique. Pour appliquer l'art. 62a LEaux, un groupe de travail réunissant trois offices fédéraux - l'Office fédéral de la santé publique (OFSP), l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) et l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) - a élaboré la Stratégie nitrates.
Lorsque la teneur en nitrates d'une nappe souterraine qui alimente un captage d'eau dépasse 25 mg/l, les cantons doivent fixer et mettre en œuvre des mesures d'assainissement.
Les projets nitrates selon l'art. 62a LEaux, élaborés et réalisés par les cantons, constituent le moyen le plus efficace pour appliquer ce genre de mesures. Les agriculteurs sont indemnisés pour les coûts et les éventuels manques à gagner occasionnés par ces projets, la Confédération finançant jusqu'à 80% de ces indemnisations.
Les assainissements réalisés dans plusieurs cantons (Argovie, Fribourg, Schaffhouse, Soleure, Vaud et Zurich) montrent que les projets soutenus par la Confédération constituent la solution la moins onéreuse pour les régions concernées pour assainir leurs nappes d'eaux souterraines présentant de trop grandes teneurs en nitrates.
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