Les eaux souterraines sont l'un des éléments du cycle de l'eau. Elles se forment par infiltration  des précipitations ou des eaux superficielles, comme les ruisseaux et rivières. Elles sont naturellement protégées par les couches qui les recouvrent. Le sol joue ainsi un rôle particulièrement important pour assurer leur qualité. Une épaisse couche de sol en bonne santé et biologiquement actif est à même de filtrer les particules et les agents pathogènes présents dans l'eau, ainsi que de retenir, voire de décomposer, les polluants qui y sont dissous.

Les eaux souterraines peuvent alimenter les eaux superficielles ou jaillir du sol sous forme de source. L'homme les exploite parfois au moyen de stations de pompage, notamment pour s'approvisionner en eau potable.

Afin de préserver la ressource que sont les eaux souterraines, l'OFEV suit et évalue leur état quantitatif et qualitatif dans l'ensemble de la Suisse.