Ces dernières décennies, l'intensification de l'utilisation du territoire et, partant, le morcellement des habitats par toutes sortes d'infrastructures ont provoqué une diminution de la diversité végétale et animale, notamment par l'utilisation à grande échelle d'herbicides. La compensation écologique a été créée pour restaurer les échanges naturels entre des habitats au potentiel écologique varié. Selon la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN), les cantons sont tenus de veiller à une compensation écologique dans les régions où l'exploitation du sol est intensive à l'intérieur et à l'extérieur des localités (art. 18b, al. 2, LPN; art. 15 OPN).

Depuis la réorganisation de la politique agricole, cette exigence de la LPN est soutenue, pour la surface agricole utile, par les prestations écologiques requises (PER) pour les paiements directs (art. 76 de la loi sur l'agriculture [LAgr] et art. 7 de l'ordonnance sur les paiements directs [OPD]). Ces prestations correspondent à une proportion minimale de 7 % de la surface agricole utile devant être réservée à des surfaces de compensation écologique pour préserver et encourager la diversité des espèces indigènes. Il existe plusieurs types de surfaces de compensation écologique reconnus, certains donnant droit à des contributions.

Les paiements directs sont les indemnités versées par la Confédération aux agriculteurs pour la création et l'entretien de surfaces de compensation écologique. Plusieurs organisations conseillent en outre les agriculteurs: l'Association pour le conseil en agriculture Agridea avec ses bureaux à Lausanne et à Eschikon-Lindau (ZH) ainsi que le Forum national pour la compensation écologique et le groupe de travail « compensation écologique dans les grandes cultures ».

Si les surfaces de compensation écologique se développent de façon réjouissante, leur qualité et leur mise en réseau laissent malheureusement encore à désirer. L'ordonnance sur la qualité écologique (OQE) est entrée en vigueur en 2001 pour remédier à ce problème.