La compensation écologique a pour but de favoriser la diversité naturelle des espèces, notamment par les mesures suivantes :

• relier entre eux les biotopes isolés, par exemple par des haies, des prairies extensives, des jachères florales ou de la végétation riveraine ; de même dans la forêt, par une sylviculture naturelle, la création et la mise en réseau de réserves forestières ou autres ;
• renforcer les surfaces proches de l'état naturel ou en créer de nouvelles ;
• mettre en valeur la nature en zone urbaine et y créer des réseaux ;
• animer le paysage par des surfaces de compensation écologique.

Les objectifs de la compensation écologiques sont répartis selon des critères quantitatifs, qualitatifs et dispositifs, qui sont expliqués dans la conception « Paysage suisse » (objectifs sectoriels 7c, d, r ; objectif sectoriel spécifique à l'agriculture 5b).

Le mandat confié aux cantons par la LPN de veiller à la compensation écologique (art. 18b, al. 2 LPN) concerne l'ensemble du territoire. Dans les zones construites, la compensation écologique peut se concrétiser par la réalisation et la mise en valeur appropriées de surfaces libres ou par un aménagement des cours d'eau et un entretien des forêts qui respectent leur aspect naturel. Dans ce contexte, les friches urbaines revêtent aussi une grande importance en tant que surfaces pionnières. Le but visé est la conservation, la mise en valeur ou la création d'habitats pour les espèces typiques des zones construites ainsi que la protection des réseaux déployés dans ou passant par les agglomérations qui ne cessent de s'étendre.

Le principal domaine d'application de ce mandat est l'agriculture. Dans ce domaine aussi, il existe toute une instrumentation : l'obligation d'utiliser au moins 7 % de la surface agricole utile comme surface de compensation écologique fait partie de la preuve des prestations écologiques, dont l'accomplissement donne droit au versement de paiements directs (art. 70 LAgr, art. 7 OPD). De plus, la Confédération alloue aux agriculteurs des paiements écologiques directs pour la création et l'entretien de surfaces de compensation écologique. On en distingue seize types différents, du pâturage extensif aux arbres fruitiers de haute tige.

Comme la qualité et la mise en réseau des surfaces étaient encore insuffisantes, l'ordonnance sur la qualité écologique (OQE) est entrée en vigueur en 2001.

La compensation écologique est inscrite dans la loi sur la protection de la nature (LPN) et dans la loi sur l'agriculture (LAgr). La compensation écologique selon l'art. 18b, al. 2 LPN se distingue de celle selon l'art. 76, al. 3 LAgr du point de vue de la compétence, du domaine d'application, du financement et du droit à l'indemnisation. Seuls les objets situés sur des surfaces agricoles utiles donnent droit à des contributions fédérales versées à hauteur de 100 % selon la LAgr ; et seules les exploitations agricoles peuvent les obtenir. Par contre, les contributions selon la LPN peuvent être allouées pour tous les objets méritant d'être encouragés ou protégés.