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La definizione dei tratti di corsi d'acqua d'importanza nazionale per la protezione delle specie pescabili indica dove è necessario un impegno particolare per il mantenimento degli habitat. La legge sulla pesca non definisce le zone protette in senso stretto.
I dati della carta ittica e le conoscenze sulle esigenze peculiari poste dalle singole specie ittiche agli habitat consentono di definire dei tratti di corsi d'acqua d'importanza nazionale per la protezione delle specie pescabili.
Popolazioni di temoli d'importanza nazionale: i temoli sono molto sensibili ai cambiamenti ambientali, in quanto la sopravvivenza delle larve dipende da una struttura variegata delle rive. I tratti di corsi d'acqua in cui vivono le popolazioni di temoli d'importanza nazionale sono inseriti in un rapporto:
Popolazioni di nasi d'importanza nazionale: i nasi sono minacciati d'estinzione sull'intero territorio svizzero in quanto per la riproduzione tendono a riunirsi in singoli siti di riproduzione di grandi dimensioni, ma sovente, dighe o ostacoli ne impediscono il passaggio. Per poter controllare l'evoluzione delle popolazioni, ogni anno il numero di esemplari presenti nei siti di riproduzione viene rilevato e inserito in un rapporto.
Popolazioni di gamberi d'importanza nazionale: le tre specie indigene di gambero (gambero dai piedi rossi, gambero dai piedi bianchi e gambero di torrente) sono fortemente minacciate su tutto il territorio svizzero. La loro diffusione in Svizzera è nota. Per poterli proteggere, l'UFAM ha elaborato un piano d'azione nazionale per gamberi di fiume.
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