Auen sind dynamische Lebensräume, in welchen Wasser und Land intensiv in Berührung kommen. Um die wertvollsten Auen der Schweiz zu schützen hat der Bund 1992 das Aueninventar in Kraft gesetzt.

Die Moore und Moorlandschaften von besonderer Schönheit und nationaler Bedeutung sind geschützt. So steht es seit der Rothenthurminitiative vom 6. Dezember 1987 in der Bundesverfassung.

Trockenwiesen und -weiden sind von landwirtschaftlicher Nutzung geprägte, artenreiche Lebensräume. Der Bund hat die wertvollsten Flächen in ein Biotopinventar aufgenommen.

Amphibienlaichgebiete umfassen Tümpel, grössere feuchte Gebiete in Flachmooren oder Auen bis hin zum Grubenbiotop. Ein Inventar stellt seit 2001 die wichtigsten Fortpflanzungsgebiete für Amphibien unter Schutz.

Wasser- und Zugvogelreservate dienen Hunderttausenden von Wasservögeln als Überwinterungs- und Rastplatz.

In der Schweiz gibt es 41 eidgenössische Jagdbanngebiete. Diese helfen mit, seltene und bedrohte Arten sowie deren Lebensräume zu schützen.

Gewässerstrecken von nationaler Bedeutung wurden vom Bund für die vom Aussterben bedrohte Nase und für die gefährdete Äsche bestimmt.

- In Waldreservaten hat die Ökologie Vorrang vor anderen Waldfunktionen. In ihnen wird die natürliche Entwicklung wieder zugelassen, oder es werden mit gezielten Eingriffen die Lebensräume von bestimmten Arten aufgewertet.

Smaragdgebiete gehören zu einem Netzwerk für europaweit gefährdete Tiere, Pflanzen und Lebensräume.

Das Projekt REN, Réseau Ecologique National, bezweckt den Verbund von Populationen und Lebensräumen und dient als Planungshilfe.