Le zone golenali sono habitat dinamici in cui acqua e paesaggio sono in stretto contatto. Per proteggere queste preziose zone golenali della Svizzera, la Confederazione, nel 1992, ha decretato l'entrata in vigore dell'inventario delle zone golenali.

Le paludi e i paesaggi palustri di particolare bellezza e importanza nazionale sono protetti. Questo passo è stato inserito nella Costituzione federale in seguito all'iniziativa di Rothenturm del 6 dicembre 1987.

I prati e i pascoli secchi sono ambienti estremamente ricchi di specie. La Confederazione prevede di iscrivere le superfici più pregevoli in un apposito inventario.

I siti di riproduzione d'anfibi comprendono pozze, complessi idrici più estesi ubicati all'interno di paludi, zone golenali o siti estrattivi. Dal 2001, un inventario protegge i principali siti di riproduzione di anfibi.

Le riserve di uccelli acquatici e migratori servono da luogo di svernamento e di sosta per centinaia di migliaia di uccelli acquatici.

In Svizzera vi sono 41 bandite federali, che contribuiscono a proteggere specie rare minacciate d'estinzione e i loro habitat.

I tratti di corsi d'acqua d'importanza nazionale sono stati definiti dalla Confederazione per il naso e il temolo minacciati di estinzione.

Nelle riserve forestali, l'ecologia è prioritaria rispetto ad altre funzioni del bosco. In tali riserve si lascia spazio allo sviluppo naturale oppure si rivalutano gli habitat di determinate specie mediante interventi mirati.

Le zone Smeraldo sono parte di una rete europea per la protezione delle specie animali e vegetali e degli habitat minacciati.

Il progetto REN (Rete ecologica nazionale) mira a interconnettere habitat e popolazioni di specie, servendo da guida alla pianificazione.