Für Anlagen, die von Bundesbehörden genehmigt werden, ist die entsprechende Bundesbehörde für den Vollzug zuständig. Zu solchen Anlagen gehören z.B. militärische Anlagen (zuständig ist das Generalsekretariat des Departements für Bevölkerungsschutz, Verteidigung und Sport, GS VBS), Eisenbahnanlagen (Bundesamt für Verkehr, BAV), Nationalstrassen (Bundesamt für Strassenbau, ASTRA), Rohrleitungsanlagen (Bundesamt für Energie, BFE) und Flugplätze (Bundesamt für Zivilluftfahrt, BAZL).
Das BAFU hat die Oberaufsicht über den Vollzug der Störfallverordnung und wirkt beim Vollzug durch eine Bundesstelle mit.
