La section Protection contres les crues:
- est le service spécialisé pour les aménagements de cours d'eau qui touchent à la protection contre les crues;
- examine les projets et octroie les indemnités et aides financières conformément aux dispositions de la loi fédérale sur les aménagements des cours d'eau et de la loi fédérale sur la protection des eaux;
- surveille l'exécution, par les cantons, de la loi fédérale sur les aménagements des cours d'eau et veille à une utilisation rationnelle des ressources financières;
- édicte des directives sur l'élaboration et le développement de projets ainsi que sur le calcul des indemnités et des aides financières;
- contrôle les projets réalisés avec des subventions fédérales (protection contre le cures, revitalisation);
- contrôle les constructions et installations qui relèvent de la protection contre les crues;
- exerce la haute surveillance dans le domaine de la régulation des débits et des lacs.