I corsi d'acqua svizzeri sono fortemente canalizzati e quindi limitati nelle loro funzioni naturali. Sebbene la qualità delle acque sia notevolmente migliorata dagli anni Sessanta, i microinquinanti rappresentano tuttora una sfida per la protezione delle acque. I cambiamenti climatici potrebbero modificare ulteriormente la temperatura e il regime di deflusso dei corsi d'acqua.