Ihre Verwendung wirft aber auch Fragen auf in Bezug auf Biosicherheit und Biodiversität. Gelangen diese Organismen unkontrolliert in die Umwelt, können sie Menschen, Tiere und Pflanzen oder andere Organismen gefährden. Das BAFU hat deshalb den Auftrag, das Austreten von potentiell gefährlichen Organismen aus geschlossenen Systemen zu verhindern, einen sicheren Umgang mit diesen Organismen in der Umwelt zu gewährleisten, sowie die Erhaltung der biologische Vielfalt, ihre nachhaltige Nutzung und den gerechten Vorteilsaugleich aus ihrer Nutzung sicherzustellen.