L'OQE si prefigge di incentivare il miglioramento della qualità e dell'interconnessione delle superfici, a condizione che al riguardo sussistano interessi regionali. Integra il sistema dei contributi basato sui pagamenti diretti versati nell'agricoltura e sulla legge sulla protezione della natura e del paesaggio, prevedendo contributi supplementari per la qualità ecologica. Con questa ordinanza la Confederazione soddisfa inoltre la richiesta di prestare maggiore attenzione alle esigenze regionali nella politica agricola. Specificando le esigenze minime (allegati 1 e 2 dell'OQE), la Confederazione fissa unicamente le condizioni per il promovimento regionale.

Le esigenze di qualità e interconnessione devono essere decise dai singoli Cantoni. In base alla loro capacità finanziaria, i Cantoni devono accollarsi il 20 per cento dei contributi OQE (Cantoni, Comuni, organizzazioni, privati ecc.).