Les émissions provenant de l'agriculture ont reculé au cours des 30 dernières années, mais restent en trop grande quantité. L’agriculture est la principale source d’émissions d’ammoniac en Suisse, ainsi que de méthane et de protoxyde d’azote (ou gaz hilarant). L'ammoniac est nocif pour les plantes et les écosystèmes sensibles tels que les marais, les forêts et les prairies maigres. En outre, l'ammoniac provoque des émissions d'odeurs et, en tant que précurseur des particules fines, a des effets négatifs sur la santé. Les gaz à effet de serre contribuent au changement climatique.