Les organismes aquatiques sous la loupe

18.08.2025 – Les eaux comptent au rang des habitats les plus riches en espèces. Toutefois, selon les analyses, les poissons, les petits animaux et la végétation continuent à subir une forte pression dans les cours d’eau suisses. Grâce aux mesures mises en œuvre, la situation s’est stabilisée à un niveau bas, et des améliorations sont même constatées à certains égards.

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© Rainer Kühnis

Observation à long terme

Comment nos eaux se portent-elles ? Comment leur état évolue-t-il ? Pour répondre à ces questions, la Confédération gère avec les cantons depuis 2012 le programme « Observation nationale de la qualité des eaux de surface » (NAWA).

Le programme évalue scientifiquement l’état des cours d’eau et identifie rapidement les nouvelles tendances. Ses résultats servent de base à la politique nationale en matière de protection des eaux.

L’état de santé des organismes vivants dans les cours d’eau en dit long sur ces derniers. Il témoigne de leur propreté et indique dans quelle mesure ils correspondent à l’état naturel. C’est pourquoi des experts procèdent périodiquement à des analyses sur les poissons, les petits organismes (comme les larves d’insectes, les microcrustacés et les diatomées) et les plantes aquatiques dans le cadre du programme partiel « NAWA TREND Biologie ».

Les données ainsi obtenues présentent l’état de cet habitat. Elles brossent un tableau précis de la situation et gagnent en importance à chaque campagne de mesure, les modifications au fil du temps étant ainsi mises en évidence.

État souvent peu naturel

La quatrième campagne de mesure, menée en 2023, a confirmé que la vie dans les cours d’eau reste soumise à une forte pression. Il en ressort essentiellement que les cours d’eau en tant qu’habitat et leur biodiversité se sont stabilisés à un niveau bas.

Les communautés animales et végétales ne correspondent souvent pas à l’état naturel aux endroits aménagés ou sous l’influence de polluants et de nutriments provenant des zones habitées, de l’agriculture, de l’artisanat ou encore de l’industrie. De plus, de nombreuses stations de mesure ont fait état de déchets, de mousse et d’odeurs.

Les populations de poissons et les plantes aquatiques subissent le plus cette pression, surtout là où l’être humain s’est établi et où il exploite intensivement les terrains à proximité des eaux. L’observation des poissons montre par ailleurs que les changements climatiques modifient eux aussi l’hydrobiologie : le chevaine, par exemple, se multiplie puisqu’il tolère mieux que d’autres espèces la hausse des températures. Les espèces cryophiles telles que l’ombre, la truite ou le chabot, quant à elles, deviennent plus rares.

Les mesures portent leurs fruits

Il reste encore beaucoup à faire pour que les cours d’eau et les espèces qui les peuplent se portent mieux. Il est prouvé que les mesures de renaturation et les démarches visant à accroître la qualité de l’eau améliorent les cours d’eau en tant qu’habitat. Il s’agit par exemple de rendre plus efficace l’épuration des eaux usées, d’aménager les berges d’une façon proche de l’état naturel, de rendre les centrales hydroélectriques franchissables pour les poissons ou encore de prévenir la pollution des eaux par les produits phytosanitaires.

La loi fédérale sur la protection des eaux exige de telles démarches et les encourage. Si les mesures sont appliquées de manière systématique, l’état de la faune et de la flore aquatiques s’améliore, et les eaux peuvent remplir leurs fonctions essentielles au profit de l’être humain et de la nature.

Les animaux et les plantes aquatiques réagissent différemment aux pollutions de l’eau. C’est pourquoi les spécialistes analysent divers échantillons lors de l’étude biologique des cours d’eau : poissons, petits animaux au fond de l’eau, diatomées et plantes aquatiques. Chaque échantillon a donné lieu à un rapport, dont les principales conclusions sont résumées ci-après.

État des poissons

Les poissons fournissent de précieuses indications sur l’état des eaux : ils ont une longue durée de vie et sont sensibles à de nombreuses influences environnementales. Les analyses de leurs populations montrent que les tronçons de cours d’eau sont presque tous (72,6 %) dans un état insatisfaisant (voir graphique). Souvent, le nombre de poissons est insuffisant.

moyen : 37 %, mauvais : 32 %, bon : 19 %, très mauvais : 4,7 %, très bon : 7 %
© OFEV
  • De manière générale, les populations de poissons se portent mieux dans les petits cours d’eau que dans les grands. Les cours d’eau du Jura sont plus proches de l’état naturel que ceux du Plateau et des Préalpes.
  • De nombreuses espèces de poissons ont disparu des cours d’eau : si une moitié des eaux étudiées présentent encore une composition naturelle en espèces, l’autre moitié affiche un net déficit, de nombreuses espèces qui devraient y vivre étant absentes. Depuis le début de l’observation, cette situation n’a guère évolué.
  • Les espèces menacées sont soumises à une pression particulièrement forte : elles sont de moins en moins présentes dans les cours d’eau et le nombre d’individus par espèce est faible. Les espèces au bord de l’extinction (catégorie de menace 1) sont de plus en plus rares.
  • Nombre de cours d’eau (64,5 %) comptent nettement trop peu de poissons. Les espèces les plus touchées sont la loche franche, le chabot, la truite, le goujon, la vandoise, la petite lamproie et l’ombre de rivière, leur nombre étant souvent bien trop faible dans les cours d’eau.
  • Les analyses indiquent que les populations de poissons sont particulièrement affectées dans les régions densément bâties. Certaines études montrent notamment une influence négative de l’exploitation de la force hydraulique, des pesticides et des structures de cours d’eau non naturelles.

État des petits animaux vivant au fond des eaux (macrozoobenthos)

Le macrozoobenthos comprend les petits animaux qui vivent dans et sur le fond des eaux, tels que les larves d’insectes, les microcrustacés, les escargots, les coquillages et les vers. Ces animaux revêtent une grande importance en tant que nourriture pour les poissons. Ils sont sensibles aux influences de l’agriculture et des zones habitées, par exemple au déversement d’eaux usées, aux aménagements ou aux pesticides.

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© OFEV
  • L’indice suisse du macrozoobenthos (IBCH), qui porte sur des familles d’insectes particulièrement sensibles, donne des indications sur la qualité de l’eau et la diversité structurelle des cours d’eau. L’enquête menée selon cette méthode a révélé que plus d’un quart (27 %) des sites examinés sont en état insatisfaisant.
  • Dans environ 60 % des sites, les espèces et les familles particulièrement sensibles aux pesticides sont soit totalement absentes, soit rares. Il apparaît clairement que l’agriculture et les zones habitées ont pour corollaire le recul des animaux sensibles (voir graphique).
  • C’est dans le Jura que l’on trouve le plus grand nombre d’espèces de macrozoobenthos. Beaucoup de sites étudiés présentent aujourd’hui plus d’espèces qu’il y a dix ans. Des études approfondies montrent que ce sont plutôt les espèces déjà fréquentes qui se répandent, alors que les espèces plus rares n’ont généralement pas progressé. Les communautés d’espèces ont donc tendance à se ressembler de plus en plus.

État des diatomées et aspect général

Les diatomées sont des algues unicellulaires présentes toute l’année dans les cours d’eau. Elles constituent des indicateurs éprouvés de la charge en nutriments puisque leur réaction à ces derniers a été largement étudiée.

très bon : 57 %, bon : 36 %, moyen : 6 %, mauvais : 1 %
© OFEV
  • Selon l’indice des diatomées, la qualité de l’eau se trouve dans un bon à très bon état à plus de 93 % des stations de mesure (voir graphique). Des résultats insuffisants ont été enregistrés surtout sur le Plateau et dans le Jura.
  • Dans 84 % des sites examinés, la composition des espèces de diatomées n’est pas usuelle.
  • Depuis le début des observations, on constate une tendance à la propagation et à l’augmentation des espèces exotiques dans toute la Suisse.
  • Les relevés ont également porté sur les nuisances visuelles et olfactives occasionnées par l’activité anthropique. Plus de la moitié des eaux examinées contenaient des déchets. De plus, les eaux fortement influencées par le déversement d’eaux usées épurées étaient souvent couvertes de mousse et dégageaient une odeur non naturelle.

État des plantes aquatiques (macrophytes)

Les macrophytes sont des plantes aquatiques que l’on voit à l’œil nu. Ils poussent souvent à un endroit précis et vivent plusieurs années, raison pour laquelle ils constituent un bon indicateur des influences à long terme sur un cours d’eau.

bon : 36 %, moyen : 28 %, mauvais : 28 %, très bon : 8 %
© OFEV
  • À 56 % des sites examinés, les plantes aquatiques ont affiché un état insuffisant. Au cours de la période d’observation, cette évaluation est restée assez stable (voir graphique).
  • Le mauvais état des plantes aquatiques est sans doute souvent le résultat d’une modification de la structure et de la forme du cours d’eau engendrée, par exemple, par des travaux d’aménagement ou de rectification.

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Dernière modification 18.08.2025

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