Dagli anni Settanta la qualità delle acque dei corsi d'acqua è notevolmente migliorata per quanto riguarda la presenza di nutrienti. La nuova sfida, e al momento anche quella principale, è ora l'immissione di microinquinanti.
La qualità igienica delle acque dei fiumi e dei laghi svizzeri è buona. Nei laghi e nei fiumi si può fare il bagno quasi sempre senza troppe preoccupazioni.
La qualità dei corsi d'acqua svizzeri è variabile dal punto di vista biologico. I risultati dell’Osservazione nazionale della qualità delle acque superficiali (NAWA) mostrano che la funzionalità ecologica delle acque è insufficiente presso almeno il 30 per cento delle stazioni di misura. Si riscontrano deficit in particolare nell'Altipiano utilizzato in modo intensivo, dove i corsi d’acqua hanno subito pregiudizi in seguito a interventi strutturali o alla diffusione di inquinanti e dove spesso non è garantita la continuità per il transito dei pesci.
I microinquinanti, il cui impatto sugli organismi acquatici può essere negativo già a basse concentrazioni, giungono nelle acque attraverso le acque di scarico depurate e, tramite immissioni diffuse, da fonti quali l'agricoltura.)
La concentrazione di nutrienti nei fiumi e nei torrenti svizzeri è diminuita notevolmente. Ciò nonostante, nelle zone agricole e urbane si supera tuttora puntualmente il valore limite. Inoltre, non sono ancora stati raggiunti gli obiettivi strategici relativi al tenore di nitrati nel Reno definiti negli accordi internazionali di protezione.
