La qualité des cours d'eau s’est nettement améliorée depuis les années 1970 pour ce qui est des nutriments. L’apport de micropolluants constitue aujourd'hui le principal défi pour la protection des eaux.
Les cours d’eau présentent une qualité biologique variable. Les résultats de l’Observation nationale de la qualité des eaux de surface (NAWA) montrent que la capacité fonctionnelle écologique des eaux est insuffisante dans au moins 30 % des stations de mesure. Des déficits sont notamment observés sur le Plateau, région marquée par l’exploitation intensive, où les cours d’eau ont subi des modifications structurelles et physico-chimiques, et où la migration des poissons n’est souvent pas garantie.
Certaines substances parviennent dans les eaux avec les eaux usées ou à partir de sources diffuses, telle l’agriculture. Même en concentrations infimes, ces substances peuvent avoir des effets néfastes sur les organismes aquatiques.
Si la concentration de substances nutritives dans les cours d’eau suisses a considérablement diminué, des dépassements de seuils continuent d’être observés dans les zones agricoles et les régions urbaines. Les valeurs fixées pour les nitrates dans les conventions internationales relatives à la protection des cours d’eau ne sont ainsi pas encore respectées sur le Rhin. Les valeurs seuils prescrites ne sont cependant pas respectées pour environ 10 % des stations de mesure du réseau de l'observation nationale de la qualité des eaux de surface (NAWA).
