La qualité des cours d'eau s’est nettement améliorée depuis les années 1970 pour ce qui est des nutriments. L’apport de micropolluants constitue aujourd'hui le principal défi pour la protection des eaux.
Les cours d’eau présentent une qualité biologique variable. Les résultats de l’Observation nationale de la qualité des eaux de surface (NAWA) montrent que la capacité fonctionnelle écologique des eaux est insuffisante dans au moins 30 % des stations de mesure. Des déficits sont notamment observés sur le Plateau, région marquée par l’exploitation intensive, où les cours d’eau ont subi des modifications structurelles et physico-chimiques, et où la migration des poissons n’est souvent pas garantie.
Certaines substances parviennent dans les eaux avec les eaux usées ou à partir de sources diffuses, telle l’agriculture. Même en concentrations infimes, ces substances peuvent avoir des effets néfastes sur les organismes aquatiques.
Les plus hautes concentrations de substances nutritives sont relevées là où celles-ci parviennent en quantité dans les cours d’eau via les stations d’épuration (STEP) ou les activités agricoles. Le Plateau et les plaines des vallées sont les régions les plus touchées. Les nutriments sont acheminés dans les lacs et les mers par l’intermédiaire des cours d’eau. Par ses apports d’azote sous forme de nitrate, la Suisse participe à l’eutrophisation des milieux lacustres et marins.
