La qualité des cours d'eau s’est nettement améliorée depuis les années 1970 pour ce qui est des nutriments. L’apport de micropolluants constitue aujourd'hui le principal défi pour la protection des eaux.
De nombreux cours d’eau du Plateau ne peuvent exercer leur fonction d’habitat naturel pour la faune et la flore que de manière limitée, ainsi qu’en témoigne l’évaluation biologique en la matière. Les interventions humaines et les espèces exotiques envahissantes ont une forte incidence sur la composition de la biocénose, y compris dans les grands cours d’eau. Les lourdes atteintes se reflètent également dans les listes rouges. Plus de 50 % des espèces peuplant les cours d’eau et les berges sont menacées ou ont déjà disparu.
De nombreux micropolluants sont détectés dans les cours d’eau suisses. Les valeurs limites écotoxicologiques sont dépassées dans les petits et moyens cours d’eau principalement par des pesticides, et dans les grands cours d’eau par quelques médicaments. Dans les cours d’eau concernés situés dans les régions d’agriculture intensive et densément urbanisées, des espèces animales et végétales sensibles sont exposées à un risque excessif d’atteintes liées à ces substances.
Les plus hautes concentrations de substances nutritives sont relevées là où celles-ci parviennent en quantité dans les cours d’eau via les stations d’épuration (STEP) ou les activités agricoles. Le Plateau et les plaines des vallées sont les régions les plus touchées. Les nutriments sont acheminés dans les lacs et les mers par l’intermédiaire des cours d’eau. Par ses apports d’azote sous forme de nitrate, la Suisse participe à l’eutrophisation des milieux lacustres et marins.
