Les cours d’eau suisses sont fortement endigués et leurs fonctions naturelles restreintes. Leur qualité s’est nettement améliorée depuis les années 1960. L’apport de micropolluants constitue aujourd'hui le principal défi pour la protection des eaux. La température des cours d’eau et le régime d’écoulement devraient encore évoluer suite aux changements climatiques.