Die Fliessgewässer der Schweiz sind stark verbaut und in ihren natürlichen Funktionen eingeschränkt. Die Wasserqualität hat sich seit den 1960er Jahren deutlich verbessert. Doch Mikroverunreinigungen bleiben eine Herausforderung für den Gewässerschutz. Durch den Klimawandel dürften sich die Temperatur der Fliessgewässer und das Abflussregime weiter verändern.