Die Wasserqualität der Fliessgewässer hat sich seit den 1970er Jahren bezogen auf die Belastungen mit Nährstoffen stark verbessert. Der Eintrag von Mikroverunreinigungen ist die neue und zurzeit grösste Herausforderung.
Der Zustand der Schweizer Fliessgewässer ist aus biologischer Sicht unterschiedlich gut. Resultate der Nationalen Beobachtung Oberflächengewässerqualität NAWA zeigen, dass an mindestens 30% der Messstellen die ökologische Funktionsfähigkeit der Gewässer ungenügend ist. Defizite gibt es besonders im intensiv genutzten Mittelland, wo die Gewässer strukturell und stofflich beeinträchtigt sind und die Durchgängigkeit für Fische vielerorts nicht gegeben ist.
Mit dem gereinigten Abwasser und via diffuse Einträge aus Quellen wie der Landwirtschaft gelangen Mikroverunreinigungen in die Gewässer, die sich bereits in tiefen Konzentrationen negativ auf aquatischen Lebensgemeinschaften auswirken können.
Die Belastung von Flüssen und Bächen durch Nährstoffe ist in der Schweiz stark zurückgegangen. Punktuelle Zielwertüberschreitungen im Landwirtschafts- und Siedlungsgebiet werden nach wie vor beobachtet, die Zielvorgaben des internationalen Gewässerschutzes am Rhein wurden für Nitrat noch nicht erreicht. Bei etwa 10% der Messstellen der Nationalen Beobachtung Oberflächenqualität (NAWA) werden die Zielvorgaben nicht erfüllt.
