Die Vielfalt von Tieren, Pflanzen und Pilzen soll in der Schweiz erhalten bleiben. Dazu hat das BAFU verschiedene Konzepte und Aktionspläne entwickelt. Konfliktpotenzial bergen zugewanderte Grossraubtiere oder fischfressende Vögel. Hier sucht das BAFU zusammen mit den Beteiligten nach Lösungen. Zudem erarbeitet es Massnahmen gegen invasive gebietsfremde Arten.